農地売却にかかる税金はいくら？ 確定申告の方法や必要書類・特別控除も紹介

農地売却で得た収益から差し引かれる「税金」について、上記のようなことに悩んでいませんか？中には、納税額がイメージできないとお悩みの方もいるはずです。

この記事では、以下についてわかりやすく解説します。

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農地売却にかかる税金の種類

まず、農地売却にかかる税金は合計5種類あります。それぞれ、支払うタイミングや金額の計算方法、決まり方が違うため、もとから農地を所有していた人が農地売却した場合の税金情報を整理しました。

譲渡所得税

譲渡所得税とは、農地を含む土地や建物を譲渡した場合に課税される税金です。農地売却で利益を得た場合に適用されます。参考として、譲渡所得税に適用される税率をまとめました。

ちなみに、譲渡所得税は給与所得などと切り離して計算する「分離課税制度」が採用されています。以下の計算式で算出された課税額に対し、税率をかけて算出してください。

譲渡所得税は原則として、2月16日～3月15日にかけて申告期間が設けられている「確定申告」で申告しなければなりません。

住民税

住民税とは、収益を得た本人が住所を置く自治体に支払う税金のことです。前述した譲渡所得税とセットになっており、分離課税制度として給与所得と切り離して計算しなければなりません。参考として、農地売却時の住民税率をまとめました。

また、課税される所得金額についても、前述した譲渡所得税と同様の計算を適用できます。住民税においても、譲渡所得税と同様に確定申告しなければなりません。

復興特別所得税

復興特別所得税とは、大規模地震等の災害復興にあてられる税金のことです。平成25年～令和19年において、農地売却による課税所得金額に、2.1%の税率が課せられます。

ちなみに復興特別所得税は、農地の所有期間を問わず2.1%です。復興特別所得税についても、譲渡所得税・住民税と同様に確定申告しなければなりません。

印紙税

印紙税とは、農地売却（売買）の契約書類を作成する際にかかる税金のことです。

印紙税は前述した3つの税金と違い、契約書の作成時に収入印紙として納税しなければなりません。確定申告とは切り離して考える必要があります。参考として、国税庁で公開されている印紙税額を以下にまとめました。

ちなみに印紙税は、契約金額がそのまま課税額になります。また、1万円超え10万円以下の契約については一律400円と決まっているほか、1万円未満の契約については収入印紙が必要ありません。

もうひとつ、契約金額が10万円を超え、平成26年4月1日～令和6年3月31日の書類作成においては、表右側の軽減税率が適用されます。

登録免許税

登録免許税とは、農地売却時の登記移転のために支払う税金のことです。登録免許税は「農地法第3条」に定められている税金であり、農地の購入者が納税しなければなりません。

また農地売却の場合、売却した人は登録免許税を支払う必要がありませんが、相続・遺贈によって農地を受け取った際には、税金の負担が必要です。

ちなみに、農地売買の登録免許税は、不動産価格（農地評価額）の20/1,000（2%）です。もし不動産価格が100万円なら、2万円が納税額となります。

もうひとつ、令和8年3月31日までに登記を受ければ、軽減税率が適用され15/1,000（1.5%）の税率に抑えることも可能です。

農地法について詳しく知りたい方は、以下の記事をチェックしてみてください。第3条・4条・5条の特徴や、改定情報を整理しています。

関連記事　農地法をわかりやすく解説

相続した農地の売却にかかる税金も同様

中には、農地を相続したけれど使う予定がないため、農地売却を考えている方もいるはずです。

結論として、相続の有無にかかわらず、農地売却にかかる税金は同じになります。部分的な控除の要件はありますが、金額が大きく変わることは今のところありません。

相続した農地の活用方法に悩んでいる方は、以下の記事もチェックしてみてください。

関連記事　農業をしない人の農地相続は可能？

農地売却の税金を減らせる特別控除一覧

農地売却にかかる税金を減らしたいなら、課税額を大きく削減できる特別控除について理解しておくことが重要です。

参考として、農地売却時に利用できる特別控除を4つまとめました。それぞれ控除額が違うことはもちろん適用条件にも違いがあります。売りたい農地に適用できるか確認してみてください。

農地売買による800万円控除｜農業委員会のあっせん

農地を、次の条件で売却した場合には、課税額から800万円が控除されます。

また、農地を地域の担い手に売った場合に適用されるのが条件です。国が推進する事業や団体を活用して農地を売却したい人におすすめします。

農地売買による1,500万円控除｜農用地区の買入協議

農用地区域内の農地を所有しており、農地中間管理機構との買入協議を経て農地中間管理機構に譲渡した場合には、課税額から1,500万円が控除されます。

参考として、買入協議の順番をまとめました。

上記の手順は買入協議の通知までに3週間、買入協議の成立までに3週間かかります。

農地売買による2,000万円控除｜農地中間管理機構への売却

地域農業経営基盤強化促進計画の特例により、農地のあるエリアで「農用地利用規程」が定められたうえで農地中間管理機構に農地を売却した場合には、課税額から2,000万円が控除されます。

自身が農業を営む地域で農用地利用規程が定められているのか知りたい人は、農業委員会に確認するのが良いでしょう。また、市町村の公式ホームページに規程が公開されている場合もあります。

農地売買による5,000万円控除｜公共事業用に売却

国や自治体の公共事業のために農地を売却した場合には、課税額から最大5,000万円が控除されます。参考として、特別控除適用の条件を以下にまとめました。

公共事業という特殊な例ですが、大幅な納税額の節約につながります。控除を適用するためには確定申告が必要であるため、忘れないように気を付けてください。

農地売却にかかる税金シミュレーション

農地売却には、さまざまな税金の種類と特別控除が関わってくるため「結局、いくらかかるの？」と疑問に感じている方も多いでしょう。

参考として、設定した販売価格にかかる税金を紹介します。

※特別控除は地域によって条件が異なるため、適用外としました。
※かかった費用が0円だったとして算出しています。

田んぼ・畑を200万円で販売した場合の税金は？

田んぼ・畑を200万円で販売した場合の税金を表にまとめました。ちなみに不動産価格（農地評価額）についても、200万円と設定しています。

5年を境におよそ2倍近い納税額の差が生まれます。納税額を抑えたいのなら、時期を見て売却するのもひとつの手です。

※上記の納税額は特別控除や軽減税率を無視しています。
※軽減措置が適用される場合には、さらに納税額が安くなるのが特徴です。

田んぼ・畑を1,000万円で販売した場合の税金は？

田んぼ・畑を1,000万円で販売した場合の税金を表にまとめました。ちなみに不動産価格（農地評価額）についても、1,000万円と設定しています。

前述した200万円で農地売却した場合と同様に、5年を境におよそ2倍近い納税額の差が生まれます。数百万円の違いが発生するため、時期を見て売却するのもひとつの手です。

※上記の納税額は特別控除や軽減税率を無視しています。
※軽減措置が適用される場合には、さらに納税額が安くなるのが特徴です。

農地売却後は確定申告が必要

農地売却の税金の中でも、譲渡所得税・住民税・復興特別所得税は、確定申告を通じて支払わなければなりません。

初めて確定申告する人向けに、農地売却における確定申告書の基本情報をまとめました。必要書類や申告の流れも解説しているため参考にしてみてください。

農地売却における確定申告書の書き方

農地売却の確定申告書は、次の書き方から選択できます。

中でも手軽なのが、税理士による確定申告の代行です。依頼費用はかかりますが、手間をかけずに確定申告が完了します。

また、通常の収入と一緒に、譲渡所得税等の確定申告が必要なら、税務処理ソフトを導入するのが便利です。個人事業主や企業であれば、毎年必要となる収入の確定申告と同時並行して譲渡所得税等の申告を実施できます。

農地売却に関わる確定申告の必要書類

農地を売却した際に必要となる、確定申告の書類をまとめました。

まず確定申告書は、確定申告が必要な人全員が準備する書類です。確定申告する人の基礎情報や収入、控除といった申告情報を記載します。

また、譲渡所得税といった分離課税の申告をする際には「確定申告書第三表」「確定申告書付表兼計算明細書」を準備しなければなりません。それぞれ、農地売却で得た収益、使用した費用を細かく記載します。

ほかにも、申告内容の証明となる書類の写しや自身を証明できる書類も一緒に用意しなければなりません。書類が不足していると、特別控除を受けられないケースもあるため十分に注意してください。

農地売却における確定申告の流れ

確定申告の動き方がわからない方向けに、農地売却〜税金の支払いの流れをまとめました。

農地売却における確定申告は、農地を売却した1月1日〜12月31日にかけての収益・費用を、翌年2月16日〜3月15日に確定申告します。申告期間を超えると、追徴課税といったペナルティを受ける恐れもあるため気を付けてください。

農地売却の方法

主に農地売却の方法は、以下の4つに分類できます。

関連記事　田んぼを売るには？ 農地売却の方法

直接取引する

購入希望者（買主）と直接取引する方法も選択肢となります。たとえば、知り合いに売却したい人、お互いの納得できる条件で取引したい人におすすめの売却方法です。

ただし、農業委員会へ申請せずに売却するのはNGとなります。許可なく農地を売却（転用）するとペナルティを負うほか、原状回復といった命令を受けるため注意してください。

農地売却時に農業委員会の許可が必要な理由を知りたい方は、以下の記事がおすすめです。許可が必要な理由や許可条件をまとめています。

関連記事　農地を売りたいなら農業委員会の許可が必要

不動産会社に相談する

自身で農地を売却できない、購入希望者（買主）を探せないとお悩みなら、不動産会社といった専門の仲介業者に相談するのがおすすめです。依頼者の代わりに購入希望者を探してくれるほか、取引を仲介してくれます。

また、手間のかかる書類作成を任せられるのが特徴です。しかし、契約成立時に仲介手数料の支払いが必要になるので注意してください。

農協に斡旋（あっせん）してもらう

自身で農地を売却できないのなら、農協や農地中間管理機構に相談して、売買をあっせん（仲介）してもらうのもひとつの手段です。

各種団体は、農地を売りたい・買いたい人をサポートし、取引希望者をすぐにあっせんしてくれます。国や自治体など信頼できる期間が間に入ってくれるため、安心して取引を任せられるのが魅力です。

農地買取センターを利用する

農地売却に余計な費用をかけたくない、プロからアドバイスをもらいながら手続きしたいと考えているのなら、無料で相談できる「農地買取センター」を利用するのが便利です。

手数料、登記費用などがすべて無料であるほか、保有する農地をいくらで売却できるのかを無料で見積もりできます。詳しくは以下より、農地買取センターのページをご覧ください。無料で問い合わせ可能です。

農地売却の税金についてよくある質問

農地売却の税金について、よくある質問をまとめました。

農地売却の税金まとめ

農地売却では、譲渡所得税・住民税・復興特別所得税のほか、契約手続きや登記移転にも税金がかかります。

また譲渡所得税・住民税・復興特別所得税は、確定申告をしなければならず、支払いの時期もバラバラですので、税金の内容把握に十分注意してください。

また、使わない農地売却の相談は、「農地買取センター」がおすすめです。

アスグリ編集部

株式会社ＧＲＩＴＺ

運営元である株式会社GRITZは、野立て太陽光発電所を土地取得－開発－販売まで自社で行っています。自然環境に影響が出ないように、耕作されていない農地（休耕地）に野立て建設しています。自然エネルギーの普及は、脱炭素社会を目指すうえでは欠かせません。当社のビジネスを通じて、カーボンニュートラルな地球に貢献することをミッションとしています。